Im Beika Rathaus wird eine Pressekonferenz gehalten. "Cocoon", ein Virtual-Reality-Game, wird der Öffentlichkeit vorgestellt. Die neueste Technologie ist nach ihren Kokon-ähnlichen Kapseln benannt, in der der Spielteilnehmer mit einem Computer verbunden wird und somit mit einer virtuellen Welt interagieren kann. Die Detective Boys gehören zu 50 Testpersonen, die aus allen Gesellschaftsschichten ausgewählt wurden. Kurz nachdem die Testpersonen das Spiel gestartet haben, wird Herr Kashimura, der Entwickler von "Cocoon", ermordet. Zur gleichen Zeit übernimmt eine künstliche Intelligenz, ein Virus namens "Noahs Arche", den Computer von "Cocoon" und blockiert jegliche Zugriffe von außen auf das System. Die 50 Personen, darunter auch die Detective Boys und Ran, sind in der Maschine gefangen. Das vergnügliche Spiel wird in einen gefährlichen Kampf um Leben und Tod umgewandelt, mit neuen Regeln: Ziel ist es, ein historisches Rätsel zu lösen. Nur eine Person braucht das Spiel zu gewinnen, um alle zu retten, doch sollten alle versagen, bedeutet das auch den Tod für alle in der realen Welt. Yusaku Kudo, Shinichis Vater, ist ebenfalls auf der Pressekonferenz, aber nicht am Spiel beteiligt. Er hatte nur die Idee für den Inhalt des Spiels gegeben. Yusaku versucht herauszufinden, was es mit dem Mord an Kashimura auf sich hat. Währenddessen finden sich Conan und seine Freunde im London des 19. Jahrhunderts wieder, die Welt des Sherlock Holmes. Dort geschehen seltsame Serienmorde in der Baker Street! Realität und Phantasie vermischen sich in diesem gefährlichen Spiel, das mit 50 Menschenleben balanciert. Werden es Conan und die anderen schaffen, aus dem Spiel zu entkommen?