Conan und Co. werden auf ein Kriegsschiff eingeladen, das mit einem neuen Kampfsystem namens Aegis ausgestattet ist. Allerdings scheint diese Tour auf dem Marineschiff nicht so spannend zu sein - bis plötzlich ein seltsames Geräusch zu hören ist und ein unbekanntes Objekt auf dem Radar auftaucht. In Conan erwacht der Detektiv, denn an Bord wird die Leiche eines Angehörigen des japanischen Selbstverteidigungstrupps entdeckt - oder vielmehr das, was davon übrig ist. Alle Indizien weisen darauf hin, dass sich ein Spion an Bord gedrängt hat. Dessen Identität muss unbedingt aufgedeckt werden, um die Sicherheit ganz Japans zu garantieren, da er versucht, sensible Daten über das Kriegsschiff ausser Land zu schmuggeln. Steuert Japan bereits mit voller Fahrt auf eine nationale Krise zu? Ein besonderer Fall für Meisterdetektiv Conan; die grösste Spionjagd in der Geschichte Conans.