Merkwürdige Bombenattentate und Brandstiftungen versetzen die Bevölkerung in Angst und Schrecken. Erst werden Brandanschläge auf teure Villen verübt, dann schenkt ein Unbekannter den Detective Boys ein Modellflugzeug mit einer Bombe. Im letzten Moment können Genta, Ayumi und Mitsuhiko von Conan gerettet werden. Der Unbekannte versucht, Shinichi zu kontaktieren. Er erklärt ihm, dass er Bomben in ganz Tokio versteckt hat. Conan muss sie ausfindig machen und entschärfen. Doch als die erste Bombe explodiert, wird er verletzt und ins Krankenhaus eingeliefert. Jedoch plant der Unbekannte weitere Bombenattentate, als Nächstes auf die tokioter S-Bahn. Die Züge dürfen nicht langsamer als 60 km/h fahren, sonst gehen die Bomben hoch. Genta, Mitsuhiko und Ayumi sind in einem der betroffenen Züge und Conan nimmt Kontakt zu ihnen auf. Weder über noch unter den Sitzen befinden sich Bomben, also können sie nicht entschärft werden. Doch Conan findet mehr über die Bomben heraus und weiß wie man sie trotzdem unschädlich machen kann. Doch die Bomben sind nur etwa 1/4 der Menge, die gestohlen wurde. Conan kann den Täter dann stellen, aber er hat eine weitere Bombe platziert. Sie befindet sich in einem Hochhaus in Beika und macht wohl den Rest des gestohlenen Sprengstoffes aus. Auch Ran befindet sich dort. Es bleibt nicht viel Zeit, bis die Bombe explodiert. Wird es möglich sein, die Bombe zu finden und zu entschärfen? Kann Ran gerettet werden?