Conan Edogawa ist in Wirklichkeit niemand anderes als der Oberschüler-Detektiv Shinichi Kudo. Deswegen hat er auch am 4. Mai Geburtstag.
Mysteriöse Männer in Schwarz haben ihm ein Gift verabreicht, durch das er auf die Größe eines Grundschülers geschrumpft ist. Völlig verzweifelt wendet er sich an seinem langjährigen Freund Professor Agasa. Auf dessen Rat hin nimmt er eine neue Identität an und nennt sich von nun an Conan Edogawa (Der Name ist eine Mischung aus "Sir Arthur Conan Doyle" und "Ranpo Edogawa", den Namen zweier berühmter Kriminalautoren). Um an Informationen über die Männer in Schwarz heranzukommen zieht er bei seiner Klassenkameradin und Sandkastenfreundin Ran Mori ein, da ihr Vater Kogoro eine Detektei betreibt.
Conan bleibt weiterhin Detektiv, auch wenn er nun in die Teitan-Grundschule gehen muss. Fälle gibt es ja zum Glück wahrlich genug. Nur dumm, dass er seine wahre Identität geheim halten muss, denn andernfalls wären nicht nur er, sondern auch Ran und die Menschen um ihn herum in großer Gefahr. Außerdem würde Ran ihm gründlich den Kopf waschen, immerhin haben sie schon zusammen gebadet, im gleichen Bett geschlafen etc. Manchmal war sie auch schon kurz davor Conan als Shinichi zu enttarnen, doch jedesmal schaffte es Conan ihren Verdacht zu zerstreuen, wie zum Beispiel mit der Hilfe von Ai Haibara, welche mit Hilfe des Stimmentransponders mit Shinichis Stimme Ran anruft.
Doch wie kann er nun schwierige Fälle auflösen, ohne Aufsehen zu erregen? Indem er die Fälle im Namen von Kogoro Mori löst, der ja ein Detektiv ist. Und nicht nur irgendeiner. Dank Conans Hilfe wird er bald zu einem der berühmtesten Detektiven Japans mit dem Spitznamen "Der schlafende Kogoro". Das kommt daher, dass ihn Conan vor der Fallauflösung stets mit Professor Agasas Narkosechronometer betäubt und dann mit dem als Fliege getarnten Stimmentransponder Kogoros Stimme imitiert. Ist dieser ausnahmsweise nicht am Tatort, tut es zur Not auch Sonoko oder Yamamura von der Polizei in der Gunma-Präfektur.
Neben dem Narkosechronometer und dem Stimmentransponder hat Professor Agasa noch viele weitere Gadgets für den kleinen Detektiv entwickelt.
Übrigens gründet Conan mit seinen Freunden von der Grundschule Mitsuhiko Tsuburaya, Ayumi Yoshida, Ai Haibara und Genta Kojima einen Detektiv-Klub, der sich "Detective Boys" nennt.
Und noch was: Ayumi Yoshida ist ein bisschen in Conan verliebt. Kein Wunder, er ist ja wirklich cool und außerordentlich clever.